Eine besonders knifflige Art des Sudokus ist das Comparison Sudoku. Wer es normalerweise gewöhnt ist, wenigstens die eine oder andere Zahl im Sudoku vorzufinden, wird hier enttäuscht werden, denn dieses Sudoku enthält keine Zahlen. Die einzigen Hinweise die die Tüftler haben, sind in den Zeilen direkt zu finden.
Das normale Sudoku hat gerade Linien. Beim Camparison Sudoku hingegen sind die Linen mit Ausbuchtungen versehen, die ein „Kleiner als“ und „Größer als“ darstellen sollen. Hier gibt es keinerlei andere Möglichkeit als durch Zahlenvergleiche zu einer Lösung zu kommen.

Viele geben sich mittlerweile mit der klassischen Variante nicht mehr zufrieden, Es müssen mehr Zahlen und noch kniffligere Rätsel sein. Eine Steigerung ist dass Fudschijama. Hier wird in 4×4 Blöcken gespielt. Es zählen also die Zahlen von 1 bis 16.
Auch das Samurai-Sudoku, welches seit dem Jahr 2006 im Umlauf ist, erfreut sich immer größerer Beliebtheit. Hier wird gleichzeitig in fünf Sudokufeldern gespielt. Eines befindet sich in der Mitte und die anderen Vier werden sind jeweils an den Ecken angeordnet. Dies aber überlappend, so dass man genau aufpassen muss, welche Zahl man in diese Ecken schreibt, damit das Puzzle aufgeht. Weitere Varianten dieses Sudokus sind sogar acht oder dreizehn Blocks. Diese Sudokus haben auch den Beinamen Monstersudoku.
Ein ähnliches Spiel, welches als Fortsetzung des Sudoku bekannt wurde, aber nichts mit ihm gemeinsam hat, ist Kakuro. Hier sind Ergebnisse vorgegeben und in die Zeilen und Spalten müssen die Zahlen eingetragen werden, die zu diesem Ergebnis führen. Auch das ist ein sehr kompliziertes bzw. kniffliges Spiel.